En août 1802, en marge d'une répression qu'exécutaient les Français contre les bandes armées de Cilla, Sanssouci, etc. dans la région de Plaisance, Pétion et Dessalines se rencontraient. Cet entretien historique avait scellé l'unité nécessaire pour entamer la guerre de l'Indépendance. Les deux hommes s'étaient fait des mises en gardes réciproques contre les Français et avaient entrepris certaines planifications. Le 13 octobre, au Haut du Cap, Pétion fit défection puis rallia Clervaux, Christophe, Geffrard et tenta aussi de rallier les divers chefs de bandes dans le Nord. Dessalines prit les armes le 17 octobre à la Petite Rivière de l'Artibonite. Le 15 novembre, Pétion l'avait rejoint à la Petite Rivière et la rencontre décisive qui confirma les prérogatives pour le commandement de l'Armée Indigène eut lieu sur la place d'armes de ce lieu le 17 novembre 1802.

Dans une des diverses rencontres entre Dessalines et Pétion tendant à planifier la dernière phase de la guerre de l'Indépendance, et d'un commun accord, Dessalines et Pétion avaient décidé de maintenir le tricolore bleu, blanc, rouge, qui, à leurs yeux, représentait la liberté. Ils avaient, encore d'un commun accord, décidé d'enlever les inscriptions françaises afin de reconnaître leurs troupes. Pour plus de précisions, « Le lendemain de la prise d'armes de Pétion, donc le 14 octobre 1802, Pétion, étant au Morne Rouge où il venait, dans la nuit, de gagner Clervaux à la cause de l'indépendance du pays, obtint le serment de sa petite troupe présente. Sur le champ, il avait arraché « les armes françaises au drapeau qu'il tenait dans ses mains et les jeta loin de lui. » (1) Toutes les troupes insurgées en firent de même par la suite en enlevant les inscriptions françaises. Par armes ou inscriptions françaises, il s'agissait du Coq gaulois qui se trouvait à la partie supérieure de la hampe et des initiales R. F. pour République Française. Il faut dès lors insister ici que les armes françaises avaient été annulées, mais le drapeau tricolore français avait été conservé jusqu'à cette date.

En décembre 1802, en route vers l'Ouest pour continuer son mouvement de ralliement, les troupes de Pétion étaient mises en déroute par les Français dans la plaine du Cul-de-Sac, lors de la bataille de Pierroux. Un des drapeaux de l'armée de Pétion avait été accaparé par l'adversaire qui se replia vers Port-au-Prince. A cette date, l'armée révolutionnaire avait adopté, comme précisé, le bleu, blanc, rouge français, c'est-à-dire que les indigènes utilisaient les mêmes couleurs que le drapeau français, le tricolore bleu blanc rouge. A Port-au-Prince, à la vue du drapeau qu'utilisaient les indigènes, les autorités françaises interprétèrent que les révolutionnaires ne voulaient pas l'Indépendance d'où une nationalité distincte, et qu'ils combattaient uniquement pour la liberté. Cette interprétation fut publiée sous forme de Proclamation par les autorités coloniales.

Toutefois, en février 1803, cette Proclamation des autorités de Port-au-Prince parvint à Pétion qui l'avait aussitôt expédiée au général en chef Dessalines à la Petite Rivière de l'Artibonite. Dans le message annexé, Pétion avait suggéré à Dessalines l'adoption d'un drapeau. Quand Dessalines reçut cette correspondance, il supprima la couleur blanche du drapeau français et relia le bleu au rouge, symbolisant l'union des noirs et des mulâtres ; les deux couleurs étaient disposées verticalement, le bleu du côté de la hampe.

L'Ordonnance ou le mot d'ordre de la création de ce drapeau avait été envoyé par Dessalines à tous les commandants et commandements qui avaient adhéré à l'embryon d'armée et à la guerre révolutionnaire ; ainsi, le bicolore bleu et rouge fut l'objet d'un ordre du jour spécial de Dessalines - les généraux qui reçurent cette Ordonnance ou ordre du jour étaient : Capois, Toussaint Brave, Christophe, Vernet, Clervaux, Pétion et Geffrard. Pétion, par exemple, alors à l'Arcahaie, avait lui aussi rapproché les deux couleurs désignées comme indiquée par l'Ordonnance du général en chef, Dessalines ; Capois dut faire de même dans le Nord-Ouest, Geffrard itou en se rendant dans le Sud, Dessalines tout aussi bien en se rendant peu après à l'Arcahaie, pour ne citer que ceux-ci ; et les deux parties du bicolore avaient certainement été reliées et cousues.

Ce drapeau bleu et rouge à la verticale fut le premier drapeau de l'Armée Indigène révolutionnaire. Et il est regrettable que cet ordre du jour ou Ordonnance ne soit pas (encore) retrouvé, car les débats sur la création du drapeau haïtien auraient profité d'une date précise et officielle et éviteraient à la nation bien des déclarations fantaisistes, parfois érigées en mythes, et tendant souvent à semer la division au niveau social, sociétale, politique, économique, voire à évoquer des connotations épidermiques.