Au moment ou éclate la fameuse affaire Galbaud, toute la population blanche de la colonie de Saint-Domingue se trouvait en rébellion ouverte contre la métropole et les commissaires civils. Leur colère s'expliquait du fait que l'Assemblée nationale, par sa loi du 4 avril, venait d'accorder le droit de vote aux affranchis. Les commissaires tentent de rassembler les républicains (dans le vocabulaire de l'époque c'étaient les démocrates, les progressistes) et puis surtout les gens de couleurs prêts à appuyer la loi du 4 avril qui leur était si favorable. Au Cap-Français, la commission civile arme les affranchis pour faire face à la municipalité et aux agitateurs des clubs contre-révolutionnaires. En décembre, une mutinerie des régiments du Cap, fournit un excellent prétexte à Sonthonax pour fermer les clubs des dissidents, arrêter les meneurs et procéder à des centaines de déportations. Toute la colonie complote contre les commissaires, partout ce sont les escarmouches et les provocations continuelles entre Blancs et miliciens mulâtres, les hommes du 4 avril, les seuls à soutenir les commissaires avec les dernières troupes européennes restées encore fidèles.

A Port-au-Prince, un aventurier, un certain chevalier de Borel, excite les passions, rameute les petits-blancs, prend la tête de l'agitation contre-révolutionnaire. Pour réduire les factieux, les commissaires emploient tout le poids militant dont ils disposent. La ville, semée par les hommes de Beauvais et les soldats affranchis du gouverneur de Lassale, est sévèrement bombardée des bâtiments de la Royale et finit par capituler le 14 mai 1793. Après la fuite de Borel et la reddition de Port-au-Prince, les commissaires appliquent à la ville des mesures punitives exemplaires, une accablante contribution de guerre jointe à des arrestations et à des déportations par milliers. La Garde nationale est dissoute et remplacée par une légion d'affranchis,la Légion de la Liberté. De nouveaux règlements de discipline des ateliers modifiant les dispositions du Code noir doivent être affichés en langue créole et lus chaque semaine par les propriétaires à leurs esclaves. Les commissaires civils n'ont plus d'amis chez les Blancs, leur seule base politique, c'est le parti des affranchis.

Deux mois après l'écrasement des contre-révolutionnaires à Port-au-Prince, débarquait au Cap-Français le nouveau gouverneur de la colonie, Thomas-François Galbaud. Créole royaliste, Galbaud prend fait et cause pour le parti colon avec d'autant plus de chaleur qu'il venait de se transformer, par voie d'héritage, en riche propriétaire de terres à Saint-Domingue. Pendant que les colons du Cap font fête à cet enfant du pays, Sonthonax lui ordonne de rembarquer à cause justement du fait qu'il détenait des propriétés dans la colonie. Le décret du 4 avril est formel, la qualité de propriétaire enlevé à quiconque le privilège d'occuper la fonction de gouverneur. Galbaud rentre la mine basse dans sa cabine de bateau, mais à bord de ces navires de guerre ancrés dans la rade, se trouvaient des milliers de ces soldats attendant le départ de leur convoi pour la France et parmi eux, les agitateurs politiques fraîchement déportés par la commission civile.

Le 20 juin, le général Galbaud, à la fête de plus de trois mille hommes de troupes, débarquait et envahissait la ville. Les combats entre les minces affranchis de Sonthonax et les soldats de Galbaud vont durer trois jours. Les miliciens écrasés reculent et partout on entend les cris de la sédition. Sonthonax parait perdu. Il adresse alors un appel désespéré aux esclaves insurgés qui campaient dans les environs du Cap. Aussitôt les hommes de Pierrot, de Macaya, de Zéphirin, de Pierre Michel, de Paul La France, de Valmalheureux, ils sont près de dix mille, entrent dans la vine et retournent la situation. Ils pourchassent les hommes de Galbaud en déroute, les refoulent vers leurs navires.

Voyant leur cause compromise, trois mille colons du Cap, la population blanche qui composait la société brillante et fortune de la plus opulente des villes de la colonie, décide d'abandonner Saint-Domingue, de prendre le large avec Galbaud. En quittant le Cap, ils brûlèrent leurs maisons et ce qui ne fut pas incendié par les colons déconfits, sera pillé par les esclaves insurgés. L'affaire Galbaud marque un point capital dans le développement de la situation politique à Saint-Domingue. C'est le moment précis ou le pouvoir blanc arrive à son terme. C'est le moment où les Noirs et les Mulâtres (les futurs Haïtiens), accaparent la place des Créoles blancs. Les Noirs et les Mulâtres, légitimes défenseurs des volontés de l'Assemblée nationale Française, prennent en charge l'ordre constitutionnel et deviennent les détenteurs de la puissance publique. Les colons, en prenant le parti de la sédition, auront tout perdu. La logique de leur coup d'État paraissait simple, chasser les commissaires de la colonie et restaurer l'ancien ordre blanc. Il ne fait pas de doute qu'ils auraient proclamé leur indépendance, mais ne sauraient faire de Saint-Domingue autre chose que ce qu'elle émit déjà, une société sclérosée, figée dans son esclavagisme. Persuadés que Sonthonax n'oserait jamais appeler les esclaves insurgés à son secours, ils ont joué le tout pour le tout. Vaincus, Les colons quittent leur ville, leur pays, leur Saint-Domingue avec la rage au coeur et la tristesse dans l'âme. Ces colons qui abandonnent le Cap sont des créoles nés dans une colonie que leurs arrière-grands-parents boucaniers avaient donné à la France en chassant les cochons et les boeufs sauvages. Ils ne voyaient pas le monde changer autour d'eux et tenaient obstinément à garder intact leur colonie.

Ce départ massif de colons est la première de ces grandes vagues d'émigrations blanches qui ponctueront chacune des étapes de la révolution de Saint-Domingue. Ces départs culmineront avec la défaite de Rochambeau à la fin de 1803. Ces colons vont se disséminer en Louisiane, à Cuba, à Puerto Rico, à la Jamaïque et dans toutes les Petites Antilles. Toussaint Louverture, sachant tout le bénéfice que la colonie pouvait tirer de la présence de ces producteurs agricoles hors du commun, tentera de les y ramener en les amnistiant, mais jamais ils ne revinrent vraiment nombreux à Saint-Domingue. Très étroitement associé au grand négoce maritime, ces colons allaient activement intriguer dans les milieux politiques Français, constituer un véritable parti colon qui jouera de toute son influence sur l'opinion publique métropolitaine afin de récupérer la colonie perdue.

Le départ des colons de Saint-Domingue et leur installation dans les colonies avoisinantes provoquera le réveil économique de ces derrières. Ce fut le cas en particulier de Cuba et de la Jamaïque où ils introduiront avec succès la culture du café et du cacao. C'est leur technique éprouvée du raffinage qui lancera l'industrie sucrière de Cuba et des Îles anglaises. Ces colonies, par la croissance inattendue de leurs échanges commerciaux, deviendront bientôt les concurrentes féroces de la future république d'HaÏti, laquelle ne rattrapera jamais les volumes phénoménaux de production du véritable géant économique qu'était l'ancienne colonie de Saint-Domingue.

L'affaire Galbaud marque donc le moment où la colonie de Saint-Domingue cesse d'être la colonie la plus rentable et la plus productrice du monde. Saint-Domingue qui, jusqu'alors, produisait plus que toutes les autres colonies des Antilles réunies va assister au lent déclin de la florissante agriculture qui assurait sa fortune et son opulence. Toussaint Louverture, Jean-Jacques Dessalines, Henri Christophe tenteront, chacun à sa manière, de restaurer la vitalité économique de l'ancienne colonie, mais aucun ne réussira à atteindre les quantités spectaculaires d'exportation qu'affichait Saint-Domingue au temps de son éblouissante splendeur.

Les Blancs de Saint-Domingue composaient la communauté la plus fortement enracinée de toutes les sociétés coloniales antillaises. Leur seule et unique patrie émit Saint-Domingue. C'étaient des colons bornés, certes, mais c'étaient aussi des gens industrieux, courageux, détenteurs d'un savoir-faire qui assurait la prospérité économique époustouflante de leur colonie. Il faut retenir que si beaucoup de ces colons parvinrent à se débrouiller honorablement en terre d'exil, la plupart d'entre eux sortaient définitivement minés de l'aventure. Haïti devait plus tard leur payer à tous, et jusqu'au dernier sou, une lourde indemnité de soixante millions de francs imposée par la France qui, même après l'avoir perdue, savait encore tirer profit de son ancienne colonie.